Qualche tempo fa mi feci la stessa domanda, e giunsi alla conclusione: bho!
L'unica cosa che si può dire è che col PPPoA i pacchetti IP vengono incapsulati in un frame ATM, mentre col PPPoE vengono incapsulati in un frame ethernet e poi in uno ATM.
Prestazionalmente parlando potrebbe, ma leggi bene POTREBBE, essere un cincinino più performante il PPPoA, ma non ci metterei la mano sul fuoco.