[Dahlar]

Non si capisce bene qual'è la tua domanda...
se reintsalli windows è chiaro che devi reinstallare e riconfigurare tutti i programmi che ti servono.
Se non vuoi ogni volta rifare il tutto, allora potresti fare in questo modo:
- reinstalli windows
- reinstalli tutti i programmi base che ti servono
- configuri e aggiorni tutto
a questo punto sei in una situazione di "base", che puoi "salvare" usando un software di clonazione dell'hard disk/partizioni.
Ti fai l'immagine della partizione di sistema C con software come:
DriveImage XXL, Norton Ghost... (su internet trovi le guide più disparate per capire come funzionano e scegliere quello che trovi più adatto a te).
se non tocchi i programmi di base che hai su D:\ quando andrai a ripristinare il tuo sistema con l'immagine che ti sei salvato ti troverai come nel momento in cui hai fatto l'immagine (almeno per quel che riguarda C).
Poi, potrai reinstallare i programmi in più che ti servono e gli aggiornamenti fatti dal momento del salvataggio dell'immagine.
Certo il lavoro che risparmi è tanto.
Magari ogni tanto, se hai una situazione di sistema aggiornato + configurazioni, che trovi di tuo gusto, potresti rifare l'immagine per poter ritornare su quella condizione al momento del ripristino.
Spero di essere stato chiaro.