Quando stampi l'elenco dei checkbox fai una cosa tipo:
<input type="checkbox" name="nomeTabella[<?php echo $riga['id']]" value="1" />
avrai quindi
<input type="checkbox" name="nomeTabella[1]" value="1" /> primo record
<input type="checkbox" name="nomeTabella[2]" value="1" /> secondo record
<input type="checkbox" name="nomeTabella[3]" value="1" /> terzo record
poi quando fai il submit per l'eliminazione leggi l'array $_POST['nomeTabella'] e fai un DELETE dei record i cui ID corrispondono agli indici dell'array.
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