puoi usare programmi sofisticati, a pagamento, come My-Mp3-Pro della Steinberg che fa pure il caffè;
oppure freeware come mp3DirectCut
a questo link
http://www.rz.uni-frankfurt.de/~pesch/
Attento che tanta altro "robba" spesso consigliata lavora nel campo Wav quindi sottopone (anche se non te lo fa vedere) il tuo file ad una doppia conversione: mp3-wav e viceversa con perdita di qualità.
Quando si lavora sugli Mp3 servono programmi capaci di lavorare direttamente in ambiente mpeg!!!
Ciao