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Hai installato FC6 da zero (formattazione ed installazione) oppure come aggiornamento?
Il File System usato è ext3 oppure Jfs, ReiserFS o Xfs?
Se hai messo gli altri FS (diversi da ext3) devi disabilitare SELinux prima dell'installazione (linux selinux=0).
Teoricamente SELinux funziona anche con Xfs, ma ho provato qualche volta ad usarlo ma mi dava molti errori dopo l'installazione (al riavvio, non parte neanche il sistema) che mi ha fatto pensare che Xfs non funzioni con SELinux abilitato in FC6.
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