potrebbe darsi che la mobo non supporta hdd più grandi di 36GB.
per verificarlo dovresti trovar scritto sull'etichetta dell'harddisk oltre ai settaggi master, slave e cable select, anche un qualcosa come "1024 cylinder" o cmq qualcosa di apparentemente strano.
quello serve a limitare la dimensione logica del disco a partire dal disco stesso: se funziona con questa limitazione imposta puoi provare ad aggiornare il bios, oppure puoi anche provare a modificare a mano la partition table aumentando la dimensione della partizione LOGICA: windows per quanto ne so usa il valore riportato nella partition table per determinare la dimensione del disco.