sequencer. stop() è corretto (stando alla documentazione, non ho modo di provare ma non vedo perchè non fidarsi di Sun).
Che vuol dire che il compilatore ti dà un errore ma non dice quale?
O compila o non compila e se non compila
deve dirti perchè.
Forse (solo forse, a parole è difficile capire se ci sia stata una minima svista o no) stai cercando di usare "sequencer" come una variabile di classe quando invece l'hai dichiarato in un metodo?
Per il JToggleButton, funziona come un JButton (meglio ancora, come un AbstractButton), e ha un metodo isSelected() (true-false) che riporta lo stato del bottone.
dovresti semplicemente "attaccargli" un ActionListener e nel metodo actionPerformed usare un if(isSelected==true) {...il bottone era premuto, cioè il midi è in riproduzione, per cui fermi il sequencer e magari cambi l'etichetta del bottone da "stop" a "play"...} else {...il bottone è stato premuto per la prima volta, per cui fai partire il brano e se vuoi cambi etichetta da "play" a "stop"...}