nel migliore dei casi sono solo drivers in conflitto. fai un bel format o installa win su un'altro hdd e vedi se funziona. in quel caso sarà sufficiente installare solo i driver della nuova scheda senza mettere quelli di quella integrata.
cmq, oltre a non dover mai toccare i collegamenti a pc acceso, è sempre buona norma disinstallare per bene i driver delle periferiche che si rimuovono prima di sostituirle