Se la temperatura rimane bassa non vedo quale sia il problema, anzi se il regime rotatorio delle ventole diminuisce in funzione della temperatura,vuol dire che la scheda madre fa il suo dovere.(correggetemi se sbaglio)
Meno giri puo' voler dire meno rumore della ventola, io farei festa.
Se davvero hai delle basse temperature potresti provare a togliere la ventola e metterci un cooler passivo ed elimini definitivamente il rumore.
Guarda la sezione silent-pc per qualche parere/consiglio...
Spero di esserti stato utile e soprattutto se ho detto qualche cavolata, picchiatemi selvaggiamente.