Prova questa procedura... l'avevo provata tempo fa su un divx e aveva funzionato... non si sa mai...
Usando virtualdub...
Caricate il film che volete provare a riparare, poi andate su Video --> Frame Rate e selezionate la terza opzione, ovvero "Change so video and audio durations match".
Confermate, poi controllate che la casella Direct stream copy sia attiva sia nelle opzioni Video che in quelle Audio, e poi salvate il file in un nuovo avi, evitando di sostituire quello già esistente (non si sa mai che accada qualche errore oppure il problema non è stato risolto...)
try...

Ever4ever