Ovvio che lavorare per lungo tempo con la cpu ad alte temp nn e' il massimo della vita, pero' e' difficile che una cpu si rompa un po' ... o si cuoce del tutto.. oppure va.
Probabilmente tu hai un Prescott, chiamto in gergo precotto

, hanno temperature di esercizio nettamente superiori agli Athlon 64 o alle nuove cpu intel Core.
Ora io non so bene l'intervento che hai fatto dentro al case , pulizia ma dici pure ricollego i fili.. non e' che hai fatto qualche casino.. ?
Se il pc va male.. i problemi potrebbero essere cmq legati all' ottimizzazione del soft/sistema operativo impaciugato .
P.S.: ti si e' mai spento il pc in seguito alle temp alte ? Direi che un P4 come il tuo contenga gia' il chip che spegne tutto in caso di superamento della solia limite di calore.. proprio per evitare la "fusione"

della Cpu, ... i vecchi Athlon xp non ce l'avevano.. infatti sai quanti sono passati a miglior vita