Non é questione di impostazioni di gmail, lo faceva anche a me, se ci son molte mail da scaricare tutte in una volta (diciamo qualche centinaia, le prime vecchie di qualche mese) Mail ne scarica un po' (partendo dalle prime) poi si blocca ad una data e non vede più le altre.
Se arrivano
nuove email allora le vede e le scarica, ma quelle nel mezzo sono "invisibili" a Mail, scaricandole con Thunderbird e poi importandole in Mail invece non ci sono problemi perché le nuove mail vengono scaricate man mano che arrivano.
Non ho idea del perché..