Se il tuo HD era formattato in NTFS credo che l'impedimento della formattazione sia legato ad una questione di propietà della partizione.
Dai un'occhiata a questo documento della KB di Windows, credo ti sarà utile:
http://support.microsoft.com/kb/810881/it
vedi se così riesci a sbloccare l'accesso e riesci a formattarlo da Gestione Disco di Windows.
Altrimenti puoi usare Gparted...
scarichi il programma dal sito:
http://gparted.sourceforge.net/download.php
ti consiglio di prendere il Live CD, che puoi masterizzare su un riscrivibile, riavvii il PC da CD, si avvia Gparted e fai tutte le operazioni che vuoi di fornmattazione, ridimensionamento etc..(è analogo a Partition Magic), è molto intuitivo e facile da usare, e comunque sul loro sito trovi tutte le informazioni che ti possono servire per l'uso corretto.