Prova a ripristinare il back-up che il software ha creato(dovrebbe averlo fatto,si spera)...
Per XP puoi tentare con il ripristino configurazione(se attivo).
Per il 2000 la vedo grigia(vedi se riesci a combinare qualcosa con un sfc /scannow o un chkdsk da console di ripristino).
Se non va...format(o sovrascrittura,salvataggio dati,e reinstallazione)
Difficile uscirne con i problemi generati da cancellazioni "errate" di chiavi di registro,purtroppo.
Ciao