[Dahlar]

La risposta purtroppo è unica e sola:
DI NESSUNO

purtroppo le voci da inserire nei registri sono stabilite dal programmatore del SW, e le info vengono inserite senza basarsi su un modello "unico", ergo un software che si basa su un algoritmo non è in grado di riconoscere con una precisione del 100% le voci eliminabili da quelle valide.
Io porto spesso un esempio stupido a chi mi chiede "quale posso usare senza fare danni?"...
facciamo un esempio classico, cioè quello delle directory, che usualmente nei "valori" di registro vengono codificate come:
"c:\programmi\vattelappesca\"

esistono casi, come anche la codifica di alcune info sulla installazione dello stesso windows dove la codifica avviene invece come:
"c:\\windows\\system32"

e questi sono casi semplici, di cui uno si rende conto ed evita il danno semplicemente leggendo cosa sta per eliminare (molti non lo fanno ed eliminano tutto sulla fiducia... SBAGLIATISSIMO).
Ho già detto una volta che i registri sono il cuore di Windows, se fai una cavolata ti giochi il sistema (e io ne ho visti diversi piangere per aver semplicemente pulito il registro sol programmino di turno).
Altra cosa che non mi piace di questi programmi è come eliminano facilmente le estensioni e altre componenti del registro perchè non trovano le associazioni (certo perchè chi programma il sw non sta sempre a fare in modo che ci siano tutte le voci "necessarie", l'importante è che il SW di riferimento sappia dove andare a prendere le info contenute nei registri).
Per pulire i registri c'è solo 1 strada:
- leggersi guide e FAQ per imparare a conoscere i registri
- usando anche il solo regedit cercare le singole voci relative ad un software che avete rimosso (partendo dal nome della cartella o del sw stesso)
- rimuovere solo le chiavi di cui siete sicuri al 200%

In poche parole... usate solo il Buon Senso.