Temo che ci siano pochissime alternative. O usi il Quicktime Pro (quindi la versione a pagamento) che credo sia uno dei pochissimi programmi in grado di manipolare i files in formato 3gp, oppure li converti in AVI, li modifichi con qualche programma free e poi li riconverti in 3gp, magari usando questo:
http://www.keronsoft.com/mobilevideo...converter.html