[MacNeo]

Sì possibile. Quicktime in realtà non va a modificare "fisicamente" la disposizione dei pixel del filmato, si limita ad aggiungere una sorta di nota che gli ricorda di mandarlo in play ruotato.
Comunque basta che lo ri-esporti (mpeg4 va benissimo) e il nuovo filmato dovrebbe essere corretto anche per youtube.