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Da bios scegli solo quale 'pezzo di ferro' sarà la prima unità sulla quale cercare qualcosa per fare il boot.
E a meno di mettere il bootloader linux su un floppy, nel 99.99% dei casi è sempre il disco primario che avrà nella sua traccia primaria (MBR) il bootloader.
Dico disco primario perchè potrebbe essere sia l'IDE1 sia il sata1.
Poi Linux e Win li puoi mettere come vuoi, il bootloader andrà sempre nell'MBR del disco primario.
Se un domani
1) Togli Linux: usi il cd di Win e fai un fix dell'MBR
2) Togli windows: o modifichi il bootloader a mano o fixi anche quello col comando apposito.
P.S:
Se togli il disco primario, dove sta il bootloader non va più una cippa.
Uscirà il messaggio: NON SYSTEM DISK.
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