[Jackdaniels]

Dipende proprio dal driver del software logitech, molti infatti, soprattutto con l'ultima versione, si sono lamentati del fatto che questi drivers rallentano in maniera consistente l'avvio del sistema.
Eliminare il programma di gestione non serve a niente, perchè il software installa robaccia un po dapertutto in library (e forse anche alcuni kext), quindi o ti armi di molta pazienza e ripulisci oppure reinstalli tutto.
Personalmente non mi metterei a perdere tempo soltanto perchè l'avvio è un poco più lento, anche perchè alla fine il software logitech è molto personalizzabile e funziona bene, in ogni caso se lo tieni così reinstallo perchè tanto i driver li hai comunque conviene sfruttarli.
Attenzione a una cosa: non mettere assolutamente lcc212.dmg che è l'ultima versione perchè non si collega a molti mouse compreso l'mx1000 (che uso anche io), ma il lcc211.dmg

PS: l'mx1000 è un mouse eccezionale :P