se riesci ad installare correttamente Linux e a farlo funzionare, credo sia un problema di Widows che trova qualche cosa di incasinato sul file system, quindi consilio una piallata dell'hard-disk, cioè una formattazione a basso livello, e vediamo cosa succede.
qui spiega qualcosa:
http://www.hwupgrade.it/forum/archiv.../t-623884.html
e qui
http://club.cdfreaks.com/showthread.php?t=49643