Sui siti come jotti o virustotal puoi far analizzare qualunque file, per quel che ne so io, non solo gli .exe, l'unica limitazione è la dimensione del file stesso.
Per quanto riguarda il tuo problema, onestamente non so perchè su un PC ci fosse la cartella snapshot e sull'altro no, forse dipende da come è impostato Spybot stesso
Comunque, visto che hai già fatto tante scansioni e non mi sembri affatto una utente avventata nell'uso del PC, penso che il tuo PC sia pulito.
Se non noti malfunzionamenti in Spybot, lascia tutto com'è, altrimenti disinstalla e reinstalla
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