Non è che attivando il protocollo ahci li cammuffi da ide, è che per poterlo attivare con windows devi usare dei drivers apposta
Se lo fai al setup devi caricarli prima col floppy, mentre non so se lo puoi fare anche con il SO già installato, cambiando i drivers e poi al boot cambiare i parametri dal bios.
Comunque serial ata è sempre serial ata, il protocollo ahci è un'invenzione di intel per permettere ai drivers di utilizzare funzioni aggiuntive come il NCQ.
Se te la senti di rischiare
puoi provare a vedere sul sito intel o della tua MB se ci sono dei driver adatti per il controller, poi li installi e al riavvio provi ad attivare il protocollo dal bios. Mal che vada non parte
allora rimetti il bios com'era e parti con f8 > ultima configurazione funzionante, ma se tanto sei tentato di rifare il setup...
