Eccomi qua
Perché non puoi fare un log di HijackThis? Sarebbe utilissimo, insieme alla lista dei programmi che effettivamente devono caricarsi all'avvio.
Se explorer.exe occupa CPU, spesso è colpa delle toolbar/spyware che vi si agganciano.
Se svchost.exe occupa CPU è anche colpa di spyware magari installati come servizi. Una sola volta in vita mia mi capitò di un svchost.exe (vero) che occupava centinaia di MB ma era per colpa di una CPU Athlon XP2200 difettosa (non credo proprio sia il nostro caso).
A parer mio una bella scansione con Virit, Spybot S&D, Ad-Aware e passa tutto