Io uso virtualdub per correggere gli errori di sincronia tra audio e video. Ci mette 5 minuti circa ed è facile da usare:
1) Apri il file AVI ottenuto con flaskMPG
2) Vai sul menu
video e setta direct stream copy
3) Vai al menu
audio e setta direct strem copy, avi audio e vai nel sottomenù
Interleaving... e setta interleave audio every
100 ms con preload di 500.
4) Vai al menu
file e fai save as AVI e il gioco è fatto!
Per quanto riguarda le altre domande, io uso smartripper per estrarre le tracce dal DVD e flaskmpg per la codifica. E' normale che l'audio sia sfalsato rispetto al video, a me succede sempre!

Uso gli stessi codec tuoi, sia video, sia audio.
E' inutile aumentare il frame rate, lascialo a 25.
Per l'audio usi 48kHz 128Kb stereo?
CladDVD ti copia anche il file ifo? Se si, quando usi FlaskMPG devi usare "open DVD file" e non "apri", così potrai selezionare subito la lingua giusta.
Per i film 4:3 potrebbe essere il formato d'uscita il problema, prova a fare alcune anteprime...
Per l'idct credo sia una questione di velocità di elaborazione... se non sbaglio, per non ricordo bene se funziona al momento della cattura (usare 3dnow! o per fare prima la codifica) o al momento della riproduzione... Lascia mmx, è quello consigliato da tutti!
Ciao