Basta scrivere "amule" dalla shell.
Per creare un collegamento sul desktop a un programma, basta creare un file di estensione desktop, tipo
amule.desktop
sul desktop stesso, o anche nei menu (tra l'altro, se vai a Rete sul menu Gnome/KDE, dovresti vedere amule in giro)
Quando l'hai creato, edita le proprietà e sistema più che altro il percorso dell'eseguibile (scrivi nei percorsi anche solo amule, tanto sta nel PATH)
Puoi mettere l'icona e altre cretinate, come in Windows