Cioé fai un cd ISO con mp3 e non un cd-audio?
Quindi, a prescindere da che brano mp3 riproduci per primo, questo salta?
Mai sentita una cosa del genere

L'unico consiglio - classico - che posso dare è quello di cambiare supporto di masterizzazione e velocità di masterizzazione.
Per quanto riguarda l'installazione/disintallazione di nero, può essere che qualche "rimasuglio" (nel registro o nel disco) possa creare problemi, anche se direi che è una ipotesi piuttosto infrequente.