Con Allway Sync ho modo di sapere cosa c'è nella cartella A che in B non c'è e viceversa e fare la sincronizzazione (segnala anche file con lo stesso nome ma modificati in orari diversi).
Io lo uso per sincronizzare la penna usb con i documenti, se ho capito bene può fare al caso tuo
screen x far capire:
http://www.allwaysync.com/download/screenshot_small.gif