Difficile capire qualcosa in quelle foto... troppo piccole... cmq provo lo stesso a darti qualche consiglio:
1- Per l'alimentatore hai due possibilità; o moddi quello che hai, sostituendo la/e ventola/e con delle ventole più silenziose, oppure compri un nuovo alimentatore che sia già un silent. Non capisco la necessità di far rientrare l'ali, visto che comunque spunterebbero gli attacci dei cavi di scheda video, tastiera e mouse...
2- Per quanto riguarda l'HD, se vuoi raffreddarlo ed al tempo stesso avere qualcosa di silenzioso, sospendi lo stesso in un bay da 5,25 e montaci davanti una ventola silent, oppure usa dei gommini nel bay da 3,5 e come sopra montaci davanti una ventola silent.
3- Il pannello puoi insonorizzarlo, con del neoprene, ma a mio avviso perdi molto in termini di raffredamento.
4- Per i vuoti agli slot pci vai in qualunque negozio di pc e chiedigli di darti le bacchettine da avvitarci al pari delle schede pci... ti assicuro che ogni negozio ne ha da buttare
Spero di esserti stato utile