Seconda opzione. DVD e CD, come hai detto, non sono affidabili. Credo che investire qualche centinaio di euro per un HD sia una cosa ottima, e a lungo andare paga (la soddisfazione di poter ripristinare il backup fatto il giorno prima è tanta quando succede

), anche se, ultimamente, con le dovute accortezze (alimentatore decente, raffreddamento più che ottimo, pochi riavvii), non mi si rompe nemmeno un HD (2 Maxtor, 1 Western Digital).
Per le accortezze di come tenere un HD quando non lo si usa, io uso le solite buste grigie, ma quelle che si possono chiudere "ermeticamente", credo di averle prese in prestito da un piccolo switch Cisco (o 3Com): tengono meglio l'aria esterna, credo. Non penso ci siano scatole speciali, basta tenerli lontano da polvere, sole e umidità.
Ah, io sto parlando di HD interni, non esterni. Sono meno pratici ma permettono di essere raffreddati meglio quando vengono usati.