A parte verificare tutte le impostazioni di acquisizione, sembrerebbe un problema legato al file system (ma strano che tu prima, non l'abbia avuto): se in FAT32, è tipica la "limitazione", ai c.a. 17 minuti d'acquisizione (dovuta alla max. dimensione dei file, su questo file system); se, invece, in NTFS, nessuna limitazione (o meglio, c'è anche quì, ma è molto lontana dal nostro attuale utilizzo

).
Quindi, la mia domanda: l'HD su cui stai acquisendo, in che file system è?
ciao