[dostoieschi]

Si però dovresti riportare qualche dato sulla tua configurazione hardware altrimenti è difficile rispondere: tipo modello scheda madre, come sono messe le periferiche ide rispetto ai canali ecc.
Detto questo, è assolutamente normale che il trasferimento di un singolo file sia eseguito più velocemente di un numero maggiore di file più piccoli perché in quest'ultimo caso al transfer rate va aggiunto il tempo di accesso al disco, cioè il tempo impiegato dalla testina del disco per spostarsi da un punto ad un altro. A questo proposito occorre aggiungere che, sia in lettura che in scrittura, anche la frammentazione del disco incide sulle prestazioni complessive dal momento che influisce sul numero degli spostamenti e degli accessi effettuati sul disco.
Le prestazioni da te rilevate appaiono decisamente basse anche se devi considerare che il limite dell'ata100 è del tutto teorico e si riferisce per lo più alle prestazioni in lettura. Nel tuo caso (trattandosi di copia di file) le prestazioni in lettura sono vincolate alle prestazioni in scrittura che generalmente sono sempre più basse rispetto a quelle in lettura.
I valori riscontrati sono comunque molto bassi e la prima cosa da verificare è se il dma sia attivo sul tuo sistema; inoltre se i dischi sono messi sullo stesso canala ide è normale che la copia da disco a disco non differisca particolarmente dalla copia da partizione a partizione perché l'accesso al canale è condiviso.
Ma senza altre informazioni non si può dire di più...