Io ci riscaldo sempre il latte: si risparmia parecchio tempo, soprattutto di mattina che si va di fretta.
Lo uso anche per riscaldare velocemente qualche altra cosa, tipo pizza o focaccia, ma se ho pių tempo vado per il forno classico.
La cottura non conviene nel microonde, perchč viene sempre fuori uno schifo (qualsiasi cosa diventa molle

).
Conseguenze non credo che ce ne siano, a parte il rischio che il microonde perda la schermatura.