[gianly1985]

Tutto molto interessante, ovviamente data la mia giovane età accademica non potevo essere in alcun modo a conoscenza delle ultime ricerche/scoperte/convenzioni.
Comunque ancora non mi ritrovo su un paio di punti, scusami se faccio il pignolo ma devo dare biochimica tra 1 mese e quindi non voglio avere dubbi.

la notazione corrente è di considerare cisteina ridotta (o cistina) e cisteina ossidata 2 AA diversi, semplicemente xchè NON tutte le volte la seconda cisteina del ponte disolfuro è parte della catena polipeptidica.

Quindi? Perchè il NON in maiuscolo? A me sembra abbastanza comune che il ponte disolfuro sia INTERcatena, mica per forza deve essere sempre INTRAcatena, e cmq non mi sembra una buona ragione per considerarlo un aa a parte (ma questa è una convenzione quindi nè tu nè io ci possiamo fare niente).

E' una convenzione, ma è correntemente accettata . Anche se effettivamente non tutti la utilizzano (la cosa varia a seconda dell' ambito di analisi/argomento trattato)

In alcuni ambiti differenziare è effettivamente utile (tipo fermentazioni controllate,e tc etc etc.).

Ecco appunto, quindi diciamo che per "l'uomo della strada" gli aa proteici "canonici" sono ancora venti, poi è chiaro che qui siamo a "Scienza e Tecnica" e quindi sapere qualcosa in più fa piacere.

L'idrossiprolina poi non è nè sintetica nè post sintetica, se vogliamo essere precisi .

NO, se vogliamo essere ancora più precisi è post-sintetica, ma credo che noi usiamo questo termine con due significati diversi, qui da me aa post-sintetici significa "frutto di modificazioni post-traduzionali della proteina", e quindi , non essendoci alcun tRNA con associato cistina, idrossiprolina o idrossilisina, essi SONO a buon diritto definiti aa post-sintetici.

E' parte della parete batterica di alcuni microorganismi, solitamente legata fra altri resudui e molecole di glucosano (se non ricordo male, non ho voglia di spippolare nè su goooogle nè sul mio libro di micro OGGI sono particolarmente pigro.).

Ehm....do you know SCORBUTO? Diciamo che ti sei ricordato dei batteri ma dimentichi che idrossiprolina (e idrossilisina) sono FONDAMENTALI anche nell'uomo, in quanto, fra le altre cose. formano i legami crociati fra le unità di collagene. Nella avitaminosi C, in cui c'è una scarsa idrossilazione di Pro e Lys, si verificano appunto i sintomi dello scorbuto, cioè "fragilità" di tutti i connettivi.

Di sintetico ed importante c'è invece la Norleucina, che, ad esempio, si usa correntemente come standard interno in analisi aminoacidiche di sostanze complesse per stimare il recupero/perdita di materiale durante la manipolazione del campione, dato che l'aminoacido LIBERO non è praticamente presente in natura.

E già saremo ad un minimo di 21 AA presenti in organismi viventi, con una scuola di pensiero che adatta la convenzione che ne porta a considerarne 22 .....

Allora, su questo ammetto di aver googlato spudoratamente perchè non avevo la più pallida idea:

"La norleucina allenica è un aminoacido allenico non proteico isolato da Benidict e Chilton (nel 1966-73) è stato dimostrato sperimentalmente gli effetti tossici sulle cellule tubulari renali."

e inoltre:
http://medical.webends.com/kw/Norleucine

Quindi questo non conta visto che nei "mitici 20" includiamo per definizione gli alfa-aa serie L proteici naturali.

oltre a questi vengono comunque considerati AA naturali presenti nell'uomo anche le selenocisteine, aminoacidi costituiti a partire da una cisteina sostiituendo l'atono dizolfo col selenio usando la selenoacetil transferasi (se non ricordo male). Tale sostituzione avviene su di un tRNA "ad hoc" x questo aaa, e come tripletta specifica si usa uno stop codon (o sequeza di stop della poteina) quando questa è presente all'inteno di una "sequenza consenso" di altri nucleotidi

Ecco queste le capisco, hanno il loro tRNA, sono presenti nelle proteine, quindi ok.

E siamo già ad un minimo di 21 considerando gli eucarioti superiopri, e 23 considerando i batteri ....

perchè 23 considerando i batteri? Cmq nei "canonici 20" credo si intendano per definizione quelli eucariotici.

Oltre a questi ci sono tutti gli Amminoacidi fatti da lle piante e quelli che noi sintetizziamo ed usiamo come neurotx, ma NON includiamo nelle proteine.

Eh, appunto, vedi GABA,eccetera ma noi parlavamo dei 20 aa proteici alfa-aa serie L (scusa se mi ripeto).

Qui puoi trovare un qualcosa altro di divulgativo

http://it.wikipedia.org/wiki/Amminoacidi

Se ci fai caso, in entrambe le schede di Wikipedia ci sono degli errori grossolani, ad esempio si dice che le selenopoteine sono solo nei batteri , o che la glicina è SOLO ad uso alimentare (secondo link) e non è uno di quelli che va a far parte delle proteine (mentre è ESSENZIALE per la mobilità di tutte ), cmq come riferimento divulgativo non è malaccio. Se preso con le molle .

Perchè mi proponi un riferimento divulgativo? Potrei offendermi!!!