ce ne sono sicuro di encoder a linea di comando... c'e' quello che lavora nel pacchetto auto gk per fare l'encoding da ac3 a mp3 ma credo funzioni anche da wave a mp3... quello dovrebbe andar bene forse...
bella idea davvero =) cmq devi far svolgere il tutto in ambiente win..
scrivere una libreria a se stante la vedo un po' dura in php
per accedere alla shell bastera' usare un system o shell_exec o ce ne sono vari a seconda dell'imput di cui hai bisogno... credo dovresti usare shell_exec