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Quando synaptic lascia dei pacchetti non configurati è sempre (o quasi) per delle dipendenze che non sono soddisfatte, e purtroppo a volte con pacchetti particolari non riesce a farlo da solo. Dipende, credo, dalla distribuzione e dalla "storia" particolare del sistema.
Come vedi, nell'output da te postato, si parla chiaramente delle dipendenze.
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