Penso che si possa fare con VirtualdubMod:
http://sourceforge.net/project/showf...group_id=65889
Imposti il video su "Direct stream copy" e nella parte audio (che il programma chiama "Streams"), attraverso la finestra "Stream list", elimini la traccia che non ti serve.
Qui trovi una guida completa all'uso del programma:
http://www.tuttoperinternet.it/lezio...aldub_Xvid.htm