Ho usato qilinux 1.0, 1.2, 2.0 rc1 e non ho mai avuto problemi con synaptic. Prova a scaricare la rc2 appena uscita, forse risolvi. Io attendo la 2.0 final ora!
Per l'antivirus: non ne ho mai usato su linux. Se proprio devo beccarmene uno spero che l'antivirus su win lo intercetti.
Ciauz!