[PGI-Bis]

Ciò che riscontri è il risultato di una race condition tra il Thread "main" ed il Thread "event dispatcher" di AWT/Swing. Affida la proiezione della finestra e le modifiche del componente visibile allo AWT Event Dispatcher e il flusso di esecuzione tornerà ad essere prevedibile.

public class Main { 
	public static void main(String[] args) { 
		final Pannello pannello = new Pannello(); 
		final Finestra finestra = new Finestra(pannello); 
		finestra.setDefaultCloseOperation(JFrame.EXIT_ON_CLOSE); 
		SwingUtilities.invokeLater(new Runnable() {
			public void run() {
				finestra.setVisible(true); 
				pannello.addBottoni(); 
				finestra.repaint(); 
			}
		});
	} 
}