ciao,
innanzi tutto ben arrivato
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I problemi possono essere molteplici, non c'e' solo la CPU da raffreddare, c'e' anche la scheda video, il chipset e la sezione di alimentazione oltre agli hdd e ali.
Se come dici da quando hai messo una ventola in espulsione nel retro del case le cose vanno meglio, perche' non metterne un'altra in immissione sul davanti ??? In modo che si crei un flusso d'aria da davanti a dietro.
Non ho mai sentito parlare di questo software per il monitoraggio del pc, ma da quello che dici le temp sono nella norma, bisognerebbe riuscire a monitorarle nel momento in cui succede.
IMHO
Le cause cmq sono molteplici, prima tra tutte e' il montaggio del dissipatore sulla CPU, cmq non credo che un controller sia starato mi sembra molto strano, puoi guardare se e' disponibile un bios aggiornato per la scheda madre e magari pensare di cambiare il dissi con uno aftermarket piu' performante.