allora...
intanto formatta le partizioni Linux in EXT3 o ReiserFS e lascia stare EXT2 che è dell'anteguerra, poi per Windows usa assolutamente NTFS che è notevolmente superiore a FAT32...piuttosto fai l'unità condivisa in FAT32 ma ricorda i limiti che ti hanno già citato
(ai quali aggiungo una forte frammnentazione
)
PS per curiosità che distribuzione usi?