campagnr,
per curiosità ho provato a fare qualche prova e ho riscontrato il tuo stesso problema.
L'unica cosa su cui posso aiutarti è sulle dimensioni (360X288).
1 - Apri il video con media player;
2 - vai su "file" e poi "properties";
3 - clicca su "Advanced";
4 - assicurati che sia selezionata la voce "DV Video Decoder" e clicca su "Properties";
5 - Clicca su Full e sul flag "Save as default";
6 - clicca su Apply e poi su OK;
7 - chiudi media player e riapri il file
A questo punto anche Premiere interpreterà bene il file (non chiedermi il perché

).
Per il problema di vedere l'animazione non sono riuscito a trovare una soluzione; probabilmente dipende dal codec DV (non ti conviene creare l'animazione in Ulead Cool 3d senza utilizzare compressori o utilizzandone uno di alta qualità, anche a scapito dello spazio?)
Mi spiace non poterti aiutare di più (appena posso farò comunque altre prove)
Ciao