Sì i controller sono delle schede PCI (in passato c'erano ISA e VESA) con attacco per i cavi (2 in genere, cioè fino a 4 periferiche, ma ce ne sono anche con 1 o 4 cavi), e hanno anche l'atttacco per un led (io ho aggiunto un led per ogni controller, ma si può sennò spostare lì quello collegato alla MB).
E' la soluzione ottimale, hanno un loro BIOS e loro drivers con cui i limiti dei 32 GB sono superati, per le prestazioni considera che in una recensione di una MB con un chipset VIA (che ha un controller ATA 100 incorporato) e uno di questi controller aggiuntivi (un raid on-board delle due marche che ho citato, sempre ATA100) spostando un disco ATA 100 dal controller del chipset a quello aggiuntivo le prestazioni aumentavano di oltre il 30%!!
I drivers del BMIDE per il chipset Intel 440BX sono famosi per ingannare alcuni benchmark (mi pare gli Ziff-Davis), ottenendo punteggi assurdamente alti, ma ti assicuro che anche le differenze si vedono anche a occhio con un disco ATA33, figurati con un ATA 100 (compreresti una Ferrari per andare sempre in prima e seconda marcia e non metter mai 5^ e 6^?

).
Sui links che ho postato in precedenza sui siti dei produttori trovi anche le foto dei prodotti (almeno quelli ancora in vendita).
Semmai se non hai esperienza di controller fatti aiutare da un amico esperto, tra l'altro una volta capiti i trucchi ti resterà utile per tutti i tipi di controller (anche SCSI o...). Ciao