Per la mobo, a parte casi eccezzionali, non devi toccare nulla: devi solo attaccare il cavo dell'alimentazione e della ventola (fan) del dissipatore

oltre che ovviamente i cavi EIDE e i cavetti che dal case servono al power, led HDD, reset, Speaker (del case) et eventuali aggiunte tipo porte usb frontali e audio (se presenti nel case ovviamente)
A tal proposito avvaliti dell'aiuto (fondamentale in questo caso) del manuale della scheda e delle figure

per vedere la disposizione e quali cavi attaccare (di solito dai case ne escono di pił!)
Caso mai, per le impostazioni di frequenza procio altre cosuccie , lo farai da Bios al primo avvio a PC fatto (almeno dal punto di vista HW)