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effettivamente hai fatto un casino :P, tantopiù che il consiglio primo è "non usare mai root" ... se io fossi nella tua situazione avvierei un cd bootable di un sistema linux e comincerei a vedere i permessi in /etc , /lib sopratutto i moduli del kernel ... di base devi dare permessi di scrittura, lettura e esecuzione al proprietario (quindi root), e di lettura al resto... di fatto però non è sempre così...
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