Cluster CRAY XD1 Vs. Cluster tradizionali

[Cascio78]

Salve, mi occupo di Chimica Computazionale quindi mi trovo a lavorare con sistemi di calcolo HPC quotidianamente....Pur non essendo particolarmente ferrato in informatica....intedo programmazione e ingegneria informatica, più che latro mi considero un user che ha a che fare con macchine HPC attraverso software specifici.

La domanda: come laboratorio possediamo un cluster HP di 32 nodi Dual opteron e siamo in procinto di espanderci, siamo indecisi se continuare ad espandere il cluster HP o buttarci su di un CRAY XD1 (12 CPU opteron per nodo, sino ad un massimo di 147cpu)

Per il nostro lavoro usiamo sia programmi di dinamica molecolare come AMBER, CHARMM e GROMACS sia programmi di docking molecolare come ZDOCK e ESCHER; i primi sono difficilmente parallelizzabili in quanto ogni operazione dipende dallo step precedente invece i secondi sono completamente parallelizzabili (ammettendo di avere i sorgenti...) La mole di dati da spostare e minima...Piu' che altro necessitiamo di potenza di calcolo.....

Ringrazio chi avra' voglia di spiegrami qualcosa in merito al cray XD1...


Bye!!


D.C.

[Cascio78]

up...nessun suggerimento???

[<Straker>]

Avete valutato anche alternative RISC? Tipo, ad esempio e solo per dirne una tra le tante, la serie Origin della Silicon Graphics?
Sempre che i tuoi software esistano per quella piattaforma (ma mi stupirebbe il contrario), o che non costino troppo di piu' (e qui mi stupirei meno...) :rolleyes:

[Cascio78]

Originariamente inviato da <Straker>
Avete valutato anche alternative RISC? Tipo, ad esempio e solo per dirne una tra le tante, la serie Origin della Silicon Graphics?
Sempre che i tuoi software esistano per quella piattaforma (ma mi stupirebbe il contrario), o che non costino troppo di piu' (e qui mi stupirei meno...) :rolleyes:


la serie origin, per via dei sofware utilizzati e per via della scalabilità dei calcoli, non puo' essere considerata una soluzione accettabile...Al limite la serie ALTIX della SGI potrebbe venir presa in considerazione...Se non fosse per il prezzo!!!!!!!! Abbiamo provato un sistema ALTIx 64 processori con su Linux...Scala molto bene...Rete NUMA...ma il prezzo è assurdo.......Con quelli della SGI non vogliamo più aver nulla a che fare!

Ciao,

D.C.

[flisi71]

Originariamente inviato da Cascio78
... La mole di dati da spostare e minima...Piu' che altro necessitiamo di potenza di calcolo.....


Allora una soluzione di cluster tradizionale, dove i nodi sono connessi solo tramite Ethernet può sempre andar bene.
Soluzioni più esotiche, come i Cray XD1, sono ideali per chi deve spostare grosse quantità di dati (avendo a disposizione canali di comunicazioni a bassa latenza e alta banda passante) e per chi necessita degli FCPGA (i chip programmabili custom).

Ciao

Federico

Io invece mi diletto solo con semplici cluster openMosix.
:)

un link
http://www.amdboard.com/cray_100404.html

un altro
http://www.internetnews.com/ent-news/article.php/3417221
dove risalta anche il grande miglioramento di latenza MPI (e di banda disponibile)