Consiglio configurazione per calcolo pesante in parallelo

[UomoAzione]

Ciao a tutti,
ho necessità di acquistare un computer desktop da affiancare ai nostri servers.

Vorrei acquisatre un 4930k appena sarà disponibile corredato con mobo LGA 2011, 64gb di ram, un paio di HD da 2tb e un ssd da 256gb.

Avete consigli su una possibile configurazione? :)

[SilentGhost]

Nn ne capisco di questo tipo di configurazioni, però sarebbe utile (per chi ti aiuterà) sapere più o meno il budget a disposizione, i programmi che userai, se serve il sistema operativo e quant'altro possa essere utile.
Ciao

[UomoAzione]

Nn ne capisco di questo tipo di configurazioni, però sarebbe utile (per chi ti aiuterà) sapere più o meno il budget a disposizione, i programmi che userai, se serve il sistema operativo e quant'altro possa essere utile.
Ciao

Ciao,
per il budget vorrei spendere massimo sui 1300, ma meno spendo meglio è ovviamente :)

Questo PC verrebbe utilizzato anche come desktop dal mio collega e vi installerei ubuntu e i programmi che utilizzerei sono software bioinformatici che traggono beneficio dal maggior numero di core disponibili, per il resto 64gb di ram sono piu che sufficenti a gestire software che macinano e un paio di macchine virtuali attive.

Altra opzione potrebbe essere installarci windows 8 e usare ubuntu in macchina virtuale (con la comodità di mettere in pausa la macchian virtuale e creare snapshots, che mi verrebbe comoda).

[dyablo96]

se come hai detto tu traggono beneficio dal maggior numero di core possibili darei un'occhiata anche ad amd dato che la 8350 ha 8 core

[Mark75]

Per un investimento così importante servirebbe conoscere precisamente il software. Per quel genere di calcoli in genere si utilizzano server con rack di gpu e per un desktop potresti farti un crossfire di 7970. Amd ha prestazioni altissime in virgola mobile e doppia precisione al contrario di nvidia ma come ho scritto sopra bisogna poi vedere come si comportano col software, il problema con i desktop è sempre legato ai driver.

[UomoAzione]

Per un investimento così importante servirebbe conoscere precisamente il software. Per quel genere di calcoli in genere si utilizzano server con rack di gpu e per un desktop potresti farti un crossfire di 7970. Amd ha prestazioni altissime in virgola mobile e doppia precisione al contrario di nvidia ma come ho scritto sopra bisogna poi vedere come si comportano col software, il problema con i desktop è sempre legato ai driver.

Purtroppo i software bioinformatici più diffusi non sono così "avanzati" da poter sfruttare la GPU :D

Si tratta ad esempio di allineamenti di sequenze di dna o proteine, sono con una quantità di dati molto elevati. Spesso sono altamente parallelizzabili quindi si riescono a sfruttare tutti i core a disposizione, e per alcuni utilizzi serve un bel po di ram.

Giusto ad esempio:
http://en.wikipedia.org/wiki/BLAST
http://sourceforge.net/projects/mira-assembler/?source=navbar


Attualmente utilizziamo un server dual Xenon da 12 core fisici totali (24 virtuali) con 48gb di ram, e stiamo un po strettini...

[Mark75]

Sembra che ci sia una versione che utilizza cuda e la stimano 10 votle più veloce di BLASTP, prova ad approfondire:
http://www.nvidia.com/object/bio_info_life_sciences.html

se così fosse anziche il crossfire ti fai uno sli di gtx 780 :D (anche se il documento parla di tesla)

[UomoAzione]

Sembra che ci sia una versione che utilizza cuda e la stimano 10 votle più veloce di BLASTP, prova ad approfondire:
http://www.nvidia.com/object/bio_info_life_sciences.html

se così fosse anziche il crossfire ti fai uno sli di gtx 780 :D (anche se il documento parla di tesla)

Hai ragione a dire che qualcosa c'è :D su un altro serve che abbiamo collegato al sequenziatore di DNA è montata una NVIDIA Quadro (penso la 4000), provero' un paio di software!

Purtroppo pero' la maggior parte di quelli che dobbiamo per forza utilizzare non permette l'utilizzo della gpu :(


Ti ringrazio pero' del link, di sicuro valutero' anche l'acquisto di una vga... ora provo qualche programma e magari una vga di fascia media potrebbe rientrare nel budget :D:D:D:D