djpeppe
21-03-2011, 17:02
Ciao,
sono uno studente di medicina molto interessato alla tecnologia ed ho un problema da porvi.
Ad oggi non è possibile, conoscendo la sequenza degli amminoacidi (mattoncini) sapere come questi si ripiegheranno nello spazio a dare una proteina complessa (una casa). Non è un problema teorico, ma è perché manca la potenza di calcolo. Infatti una proteina media contiene più o meno 300 amminoacidi con 10 atomi per ciascuno amminoacido quindi siamo a 3000 atomi. Inoltre l’acqua è essenziale per il ripiegamento di una proteina e quindi va tenuta in considerazione: ad un amminoacido si coniugano almeno altre 10 molecole di h2o quindi sono altri 9000 atomi. In tutto siamo a 12000 atomi per una proteina abbastanza piccola. Per ogni atomo bisognerebbe risolvere almeno 8 equazioni in funzione del tempo.
In poche parole arriviamo a circa 100.000 equazioni in funzione del tempo. Dopodichè vogliamo sapere come si ripiega nello spazio la proteina, e quindi abbiamo bisogno che il pc faccia un modello della proteina ripiegata.
1) I processori di ultima generazione sono in grado di fare ciò in tempi ragionevoli??
dopotutto con un 64bit si arriva tranquillamente a 24gb di ram, e il lavoro della gpu non mi sembra enorme.
2) Inoltre visto che sono calcoli di variabili fisiche, una scheda PhyX non velocizzerebbe il processo???
3) quanto costerebbe??? (fate conto che queste macchine le comprerebbero centri di ricerca che tranquillamente comprano macchine di decine migliaia di euro).
La cosa è di una importanza estrema perché permetterebbe di risolvele la struttura di proteine che sappiamo esistano nel corpo umano ma che non riusciamo ad isolare e studiare.
grazie
sono uno studente di medicina molto interessato alla tecnologia ed ho un problema da porvi.
Ad oggi non è possibile, conoscendo la sequenza degli amminoacidi (mattoncini) sapere come questi si ripiegheranno nello spazio a dare una proteina complessa (una casa). Non è un problema teorico, ma è perché manca la potenza di calcolo. Infatti una proteina media contiene più o meno 300 amminoacidi con 10 atomi per ciascuno amminoacido quindi siamo a 3000 atomi. Inoltre l’acqua è essenziale per il ripiegamento di una proteina e quindi va tenuta in considerazione: ad un amminoacido si coniugano almeno altre 10 molecole di h2o quindi sono altri 9000 atomi. In tutto siamo a 12000 atomi per una proteina abbastanza piccola. Per ogni atomo bisognerebbe risolvere almeno 8 equazioni in funzione del tempo.
In poche parole arriviamo a circa 100.000 equazioni in funzione del tempo. Dopodichè vogliamo sapere come si ripiega nello spazio la proteina, e quindi abbiamo bisogno che il pc faccia un modello della proteina ripiegata.
1) I processori di ultima generazione sono in grado di fare ciò in tempi ragionevoli??
dopotutto con un 64bit si arriva tranquillamente a 24gb di ram, e il lavoro della gpu non mi sembra enorme.
2) Inoltre visto che sono calcoli di variabili fisiche, una scheda PhyX non velocizzerebbe il processo???
3) quanto costerebbe??? (fate conto che queste macchine le comprerebbero centri di ricerca che tranquillamente comprano macchine di decine migliaia di euro).
La cosa è di una importanza estrema perché permetterebbe di risolvele la struttura di proteine che sappiamo esistano nel corpo umano ma che non riusciamo ad isolare e studiare.
grazie