Windows allo stato iniziale

[Gimli[2BV!2B]]

Direi che hai perso solo il profilo del tuo utente.

Dovresti rintracciare tutti i tuoi dati in una cartella con il nome del tuo utente in C:\Documents and Settings.
Se la mia ipotesi è corretta dovresti vederne più di una (almeno due): la più grande sarebbe il tuo profilo originale, la più piccola quello rigenerato.
Ah, alcune cartelle del profilo sono nascoste, assicurati di poter vedere anche le "cartelle e files nascosti" (http://security.p2pforum.it/procedure-base-visualizzare-cartelle-e-files-nascosti).

Se il profilo dell'utente si è effettivamente danneggiato non credo potrai recuperare nessuna impostazione che fosse memorizzata sul registro, mentre potresti recuperare varie impostazioni/files importanti di molti programmi, nonché tutti i documenti (che troverai in Documenti, naturalmente).
I dati dei programmi li trovi in Dati applicazioni ed Impostazioni locali/Dati applicazioni: copiando le cartelle che ti interessano nel tuo nuovo profilo (sostituendo eventuali nuove cartelle) dovresti riportare vari programmi allo stato che avevi prima.

[Gimli[2BV!2B]]

Ah, ho ricordato adesso che l'ultima volta che mi è successa 'sta cosa (su un Win2000) ad ogni riavvio si ostinava a creare un nuovo profilo con numero crescente, quindi, per essere certi che la situazione sia stabilizzata, sarebbe buona cosa procedere in questo modo:

copia il tuo vecchio profilo danneggiato da qualche parte
crea un utente temporaneo con cui poter fare un login di emergenza (amministratore)
fai logout e rientra con il nuovo utente temporaneo
cancella tutti i profili del tuo utente principale (danneggiati e nuovi) da Documents and Settings
fai logout e rientra con il vecchio utente
cancella pure l'utente temporaneo e corrispondente cartella in Documents and Settings

A questo punto si dovrebbe essere certi che il profilo utente è pulito, quindi puoi procedere ai ripristini che ti ho consigliato.