Il Capitano
06-09-2006, 23:53
Di seguito la descrizione di alcuni nuovi progetti che sfruttano boinc e che secondo me meritano attenzione. Spero di fare cosa gradita :) .
Tanpaku
http://issofty17.is.noda.tus.ac.jp/doc/image/RNaseA_Rotation_60_05.gif
Predizione della struttura delle proteine
Progetto biomedico
Le proteine sono la principale base della vita. Tutte le proteine del nostro corpo, ma anche di tutti gli altri esseri viventi, sono formate da soli 20 amminoacidi. La giusta e unica sequenza di amminoacidi necessaria a formare ogni proteina e contenuta all’interno del DNA, l’acido desossiribonucleico. Poiché ormai è nota la sequenza dei geni dell’uomo, si potrebbe pensare che è possibile ricavare da essa la funzione di ogni proteina e quindi comprendere meglio la vita. Sfortunatamente non è così, perché la funzione di una proteina non dipende solo dagli amminoacidi di cui è composta, ma anche dalla forma tridimensionale (unica) che essa assume nel momento della sua formazione. Perciò riuscire a predire la forma di una proteina a partire dagli amminoacidi che la compongono ci darebbe direttamente utili informazioni sul suo ruolo all’interno dell’organismo.
Purtroppo non esiste un metodo esatto per ottenere questa predizione, possiamo però affidarci alle simulazioni numeriche. Simulazioni che richiedono comunque grosse risorse computazionale e lunghi tempi di elaborazione.
Il progetto tanpaku (dal giapponese tanpaku-shitsu: proteina) si prefigge di usare un metodo basato sulle dinamiche browniane (BD) e BOINC per velocizzare la simulazione. Infatti BD permette simulazioni su tempi lunghi, ma con costi computazionale inferiori rispetto altri metodi.
Link all’home page del progetto
http://issofty17.is.noda.tus.ac.jp/index_E.php
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Rectilinear Crossing Number
http://dist.ist.tugraz.at/cape5/rcnlogo.png
Calcolo del numero minio di incroci tra segmenti
Progetto matematico
Il problema del numero di incroci tra segmenti, legato ai problemi del trasporto e all’ottimizzazione dei layout di stampa, rientra tra i problemi di geometria computazionale e combinatoria basati su insiemi finiti di punti nel piano euclideo e consiste nel trovare il minimo numero di incroci tra i segmenti di un grafo completo composto da n vertici (punti) nel piano. Qui un grafo completo è un grafico in cui ogni vertice è unito ad ogni altro tramite un segmento. I punti sono disposti arbitrariamente sul piano con l’eccezione che non ce ne siano mai 3 allineati.
E’ facile vedere che dati 4 punti, li posso disporre in modo che il grafo non abbia alcun incrocio (fatelo :D), mentre nel caso di 5 punti, il meglio che si può ottenere è un solo incrocio, come si vede dalla figura.
http://dist.ist.tugraz.at/cape5/crossings.gif
Per n più grande di 5 le cose iniziano a farsi complicate, perché il numero possibile di disposizioni degli n punti cresce esponenzialmente. Ad esempio per n=11 ho 2.334.512.907 diverse combinazioni. Finora sono stati risolti i casi fino a n=17 e poi i casi 19 e 21. Il progetto si propone di risolvere il caso n=18.
Link all’home page
http://dist.ist.tugraz.at/cape5/
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Riesel Sieve
http://boinc.rieselsieve.com/message_logo.png
Calcolo di numeri primi
Progetto matematico
Obiettivo del progetto è provare la congettura di Riesel, cioè che k=509203 è il più piccolo numero dispari tale che per ogni n>=1, k*2^n-1 non è primo. Per provare tale congettura è sufficiente esibire un numero primo del tipo k*2^n-1 per ogni k<509203. Nonostante 509.203 sembri un numero enorme di casi da analizzare, in realtà ne restavano 101 quando il progetto è partito. Ora ne restano solo 72.
Link all’home page
http://www.rieselsieve.com/
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Seasonal attribution project
http://attribution.cpdn.org/images/SAPlogod.gif
Studio dei fenomeni estremi
Progetto di scienze naturali
Il dibattito sull’influenza delle attività umane sul clima mondiale è più che mai vivo. Il progetto si propone di scoprire, se vi sono, correlazioni tra l’attività dell’uomo ed eventi climatici estremi come uragani o alluvioni. Vengono simulazioni del clima terrestre con e senza l’influenza dell’uomo e vengono confrontati i risultati. Il progetto rientra nell’ambito di climateprediction.net e ha il supporto del WWF.
Immagine1 (http://attribution.cpdn.org/images/cloudshot_win0.gif)
Immagine2 (http://attribution.cpdn.org/images/tempshot_win0.gif)
Immagine3 (http://attribution.cpdn.org/images/precipshot_win0.gif)
Link all’home page
http://attribution.cpdn.org/
Tanpaku
http://issofty17.is.noda.tus.ac.jp/doc/image/RNaseA_Rotation_60_05.gif
Predizione della struttura delle proteine
Progetto biomedico
Le proteine sono la principale base della vita. Tutte le proteine del nostro corpo, ma anche di tutti gli altri esseri viventi, sono formate da soli 20 amminoacidi. La giusta e unica sequenza di amminoacidi necessaria a formare ogni proteina e contenuta all’interno del DNA, l’acido desossiribonucleico. Poiché ormai è nota la sequenza dei geni dell’uomo, si potrebbe pensare che è possibile ricavare da essa la funzione di ogni proteina e quindi comprendere meglio la vita. Sfortunatamente non è così, perché la funzione di una proteina non dipende solo dagli amminoacidi di cui è composta, ma anche dalla forma tridimensionale (unica) che essa assume nel momento della sua formazione. Perciò riuscire a predire la forma di una proteina a partire dagli amminoacidi che la compongono ci darebbe direttamente utili informazioni sul suo ruolo all’interno dell’organismo.
Purtroppo non esiste un metodo esatto per ottenere questa predizione, possiamo però affidarci alle simulazioni numeriche. Simulazioni che richiedono comunque grosse risorse computazionale e lunghi tempi di elaborazione.
Il progetto tanpaku (dal giapponese tanpaku-shitsu: proteina) si prefigge di usare un metodo basato sulle dinamiche browniane (BD) e BOINC per velocizzare la simulazione. Infatti BD permette simulazioni su tempi lunghi, ma con costi computazionale inferiori rispetto altri metodi.
Link all’home page del progetto
http://issofty17.is.noda.tus.ac.jp/index_E.php
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Rectilinear Crossing Number
http://dist.ist.tugraz.at/cape5/rcnlogo.png
Calcolo del numero minio di incroci tra segmenti
Progetto matematico
Il problema del numero di incroci tra segmenti, legato ai problemi del trasporto e all’ottimizzazione dei layout di stampa, rientra tra i problemi di geometria computazionale e combinatoria basati su insiemi finiti di punti nel piano euclideo e consiste nel trovare il minimo numero di incroci tra i segmenti di un grafo completo composto da n vertici (punti) nel piano. Qui un grafo completo è un grafico in cui ogni vertice è unito ad ogni altro tramite un segmento. I punti sono disposti arbitrariamente sul piano con l’eccezione che non ce ne siano mai 3 allineati.
E’ facile vedere che dati 4 punti, li posso disporre in modo che il grafo non abbia alcun incrocio (fatelo :D), mentre nel caso di 5 punti, il meglio che si può ottenere è un solo incrocio, come si vede dalla figura.
http://dist.ist.tugraz.at/cape5/crossings.gif
Per n più grande di 5 le cose iniziano a farsi complicate, perché il numero possibile di disposizioni degli n punti cresce esponenzialmente. Ad esempio per n=11 ho 2.334.512.907 diverse combinazioni. Finora sono stati risolti i casi fino a n=17 e poi i casi 19 e 21. Il progetto si propone di risolvere il caso n=18.
Link all’home page
http://dist.ist.tugraz.at/cape5/
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Riesel Sieve
http://boinc.rieselsieve.com/message_logo.png
Calcolo di numeri primi
Progetto matematico
Obiettivo del progetto è provare la congettura di Riesel, cioè che k=509203 è il più piccolo numero dispari tale che per ogni n>=1, k*2^n-1 non è primo. Per provare tale congettura è sufficiente esibire un numero primo del tipo k*2^n-1 per ogni k<509203. Nonostante 509.203 sembri un numero enorme di casi da analizzare, in realtà ne restavano 101 quando il progetto è partito. Ora ne restano solo 72.
Link all’home page
http://www.rieselsieve.com/
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Seasonal attribution project
http://attribution.cpdn.org/images/SAPlogod.gif
Studio dei fenomeni estremi
Progetto di scienze naturali
Il dibattito sull’influenza delle attività umane sul clima mondiale è più che mai vivo. Il progetto si propone di scoprire, se vi sono, correlazioni tra l’attività dell’uomo ed eventi climatici estremi come uragani o alluvioni. Vengono simulazioni del clima terrestre con e senza l’influenza dell’uomo e vengono confrontati i risultati. Il progetto rientra nell’ambito di climateprediction.net e ha il supporto del WWF.
Immagine1 (http://attribution.cpdn.org/images/cloudshot_win0.gif)
Immagine2 (http://attribution.cpdn.org/images/tempshot_win0.gif)
Immagine3 (http://attribution.cpdn.org/images/precipshot_win0.gif)
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http://attribution.cpdn.org/