Dopo ulteriori indagini ed un'accurata lettura del manuale, ho appurato che i connettori per le ventole contraddistinti con "CPU_" differiscono da quelli "CHA_":
Come si evince, il pin n°4 del connettore è denominato, sui due headers relativi al processore, "CPU FAN PWM", mentre per le tre connessioni CHA_FAN1/2/3 è denominato "+5V". Quindi è probabile che sia possibile gestire la velocità ventole anche in modalità DC (regolazione della velocità tramite voltaggio) solo su questi ultimi, mentre CPU_FAN e CPU_OPT possono funzionare esclusivamente in modulazione impulsi (PWM).
Ne consegue che la regolazione velocità sui suddetti connettori è possibile solo impiegando ventole con spinotto a 4-pin, quindi con gestione della loro velocità esclusivamente via PWM.
Pertanto, collegherò le due Noctua sul dissipatore CPU al connettore CHA_FAN3, e se il BIOS mi segnalerà un errore ventola CPU, inserirò in CPU_FAN le ventole dello chassis, con l'apposito riduttore di velocità per fissarle stabilmente a 1000 RPM (rinunciando così a gestirle via SpeedFan).